Hiện Bộ Y tế đang trực tiếp quản lý 90 đơn vị, bao gồm cơ quan phục vụ công tác quản lý nhà nước, các bệnh viện, viện nghiên cứu, trường đào tạo, cơ sở pháp y, kiểm định, dược phẩm và thiết bị y tế. Trong giai đoạn từ 2017 đến 2025, Bộ đã và đang thực hiện quá trình tái cơ cấu, giảm đầu mối và nâng cao hiệu quả hoạt động.
Nhiều cơ sở y tế vẫn trực thuộc Bộ Y tế, một số sáp nhập hoặc chuyển giao.
Cụ thể, Bộ Y tế đã hoàn thành việc chuyển ba bệnh viện trực thuộc về địa phương quản lý; đồng thời sáp nhập và tổ chức lại một số đơn vị như hợp nhất Tạp chí Y học thực hành và Tạp chí Dược học thành Tạp chí Y Dược học, sáp nhập Trường Cao đẳng nghề Kỹ thuật Thiết bị y tế vào Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức để hình thành Trường Cao đẳng Y tế và Thiết bị Việt Đức. Hai bệnh viện là Bệnh viện 71 Trung ương và Bệnh viện Điều dưỡng - Phục hồi chức năng Trung ương được chuyển về Trường Đại học Y Hà Nội để trở thành bệnh viện thực hành.
Theo phương án mới, Bộ Y tế đề xuất chuyển 13 đơn vị về địa phương quản lý và tổ chức lại 11 đơn vị khác. Riêng hệ thống Làng Trẻ em SOS Việt Nam, Bộ kiến nghị bàn giao 17 làng SOS cơ sở và 25 trường học thuộc hệ thống cho địa phương tiếp nhận, sau đó tổ chức lại văn phòng trung ương theo mô hình gọn nhẹ.
Trong khối khám chữa bệnh, trong tổng số 39 bệnh viện trực thuộc, Bộ đề xuất giữ lại 25 bệnh viện tiếp tục thuộc Bộ Y tế nhằm đảm bảo vai trò đầu tàu về điều trị, nghiên cứu và đào tạo, bao gồm Bệnh viện Bạch Mai, Bệnh viện K, Bệnh viện Việt Đức, Bệnh viện Nhi Trung ương, Bệnh viện Phụ sản Trung ương, Bệnh viện Chợ Rẫy, Bệnh viện Thống Nhất… Một số bệnh viện chuyên khoa sẽ được sáp nhập vào các bệnh viện đa khoa trung ương hoặc quy mô lớn hơn, như Bệnh viện Chỉnh hình - Phục hồi chức năng Cần Thơ sáp nhập vào Bệnh viện Đa khoa Cần Thơ, Bệnh viện Chỉnh hình - Phục hồi chức năng TP.HCM sáp nhập vào Bệnh viện Thống Nhất.
Bộ cũng đề xuất chuyển giao một số bệnh viện về các trường đại học y để làm bệnh viện thực hành, như Bệnh viện Chỉnh hình - Phục hồi chức năng Đà Nẵng về Trường Đại học Kỹ thuật Y - Dược Đà Nẵng. Các bệnh viện như Bệnh viện Tâm thần Trung ương II, Bệnh viện Phong - Da liễu Trung ương Quy Hòa, Bệnh viện 74 Trung ương, Bệnh viện Đa khoa Trung ương Quảng Nam được đề xuất bàn giao nguyên trạng cho các địa phương quản lý nhằm tăng cường phân cấp.
Đối với khối pháp y và pháp y tâm thần, Bộ Y tế hiện quản lý 8 đơn vị. Bộ đề xuất sửa đổi Luật Giám định tư pháp để chuyển giao 5 trung tâm pháp y tâm thần về địa phương, đảm bảo tính thống nhất và hiệu quả trong công tác giám định.
Ở lĩnh vực y tế dự phòng, Bộ Y tế định hướng xây dựng một đầu mối mạnh ở cấp quốc gia. Theo đó, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương sẽ tiếp tục trực thuộc Bộ và trở thành đầu mối thực hiện chức năng của CDC Trung ương. Các viện cùng lĩnh vực được sắp xếp lại: Viện Dinh dưỡng, Viện Sức khỏe nghề nghiệp và môi trường, Viện Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng Trung ương sẽ được sáp nhập vào Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương; tại phía Nam, Viện Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng TP.HCM và Viện Y tế công cộng TP.HCM sẽ sáp nhập vào Viện Pasteur TP.HCM.
Khối đào tạo y khoa tiếp tục được duy trì nhưng có điều chỉnh để tăng tính liên thông và tinh gọn mạng lưới. Trường Đại học Y Dược Hải Phòng sẽ tiếp nhận Trường Đại học Kỹ thuật Y tế Hải Dương, trong khi Trường Cao đẳng Dược Trung ương Hải Dương sáp nhập vào Trường Đại học Dược Hà Nội. Các trường đại học trọng điểm như Trường Đại học Y Hà Nội, Đại học Y Dược TP.HCM, Đại học Y Dược Cần Thơ, Đại học Điều dưỡng Nam Định vẫn trực thuộc Bộ Y tế.
Với khối kiểm định, kiểm nghiệm, dược phẩm, thiết bị và vắc xin sinh phẩm y tế, Bộ đề xuất tiếp tục giữ nguyên mô hình trực thuộc Bộ Y tế do đặc thù chuyên môn, đồng thời nghiên cứu sắp xếp lại cơ cấu nội bộ để tăng hiệu lực, hiệu quả hoạt động.
Theo Bộ Y tế, việc sắp xếp, tổ chức lại các đơn vị sẽ được triển khai theo lộ trình phù hợp, đảm bảo kế thừa, ổn định, không làm xáo trộn công tác chuyên môn, đồng thời hướng tới mục tiêu tinh gọn bộ máy và nâng cao chất lượng phục vụ người dân.